MTsN 1 Probolinggo sebelumnya dikenal dengan MTsN Karanganyar Paiton berdiri sejak tahun 1967, madrasah ini adalah madrasah tertua di Jawa Timur. MTsN 1 Probolinggo memiliki dua gedung madrasah yang terpisah, kampus 1 (gedung utama) berada di Jalan Raya Panglima Sudirman No. 59 Karanganyar Paiton Probolinggo dan kampus 2 berlokasi di kawasan Pondok Pesantren Nurul Jadid, kampus 2 ini dikhususkan bagi siswi-siswi yang menetap atau menjadi santri di Pondok Pesantren Nurul Jadid dan Pondok Pesantren Nurul Quran.
   Pada awalnya Madrasah ini didirikan oleh Yayasan Pondok Pesantren Nurul Jadid dengan nama Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTsN AIN) yang kemudian diubah menjadi MTsN Karanganyar Paiton. Pondok Pesantren Nurul Jadid Paiton adalah salah satu pondok pesantren besar yang ada di Indonesia, oleh sebab itu kolaborasi antara pendidikan modern dan kultur pondok pesantren sangat kental di madrasah ini, sampai saat ini sudah banyak prestasi yang dihasilkan baik dalam bidang keagamaan maupun pendidikan umum.
   Pada perkembangan selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI nomor 673 Tahun 2016 barulah MTsN Karanganyar Paiton ini berubah menjadi MTsN 1 Probolinggo yang merupakan Madrasah Tsanawiyah Negeri yang berada di Kabupaten Probolinggo tepatnya di daerah Desa Karanganyar Kecamatan Paiton kabupaten probolinggo Jawa Timur.
   MTs. Negeri 1 Probolinggo mengupayakan pelayanan pendidikan yang komprehensif dan optimal mulai dari penanaman karakter (Character Building), pengembangan bakat minat, pengembangan sains dan teknologi serta yang tidak kalah penting adalah penanaman sikap islami. Demi meningkatkan mutu dan kualitas, MTs. Negeri 1 Probolinggo juga telah bersinergi dengan PT. POMI dan Paiton Energy sebagai mitra pengembangan kelas unggulan IT, Unggulan Sains, dan Program Adiwiyata hingga saat ini.